Miles Morales har mer eller mindre blitt vant til hele greia med å være Spider-Man. Holde Brooklyn trygt, fange skurker og gjøre lekser er noe han klarer. Men da Spider-Man blir invitert til lanseringen av et helt nytt dataspill går ting raskt galt. Alle som spiller spillet blir frosset, og det er en skurk som heter the Stranger som står bak det. Han mener at menneskeheten ikke er bra nok, og konseptet hans av rettferdighet er ekstremt. Miles har verdens skjebne i sine hender, og lite tid. Kan han samarbeide med gamle fiender å finne svarene han trenger før tiden er ute?
